Aan de Rijksuniversiteit Groningen (RUG) volgde hij in die periode bij dr. J.R. Luth het bijvak kerkmuziek, dat hij in maart 2003 afrondde met de scriptie Theologie van de muziek bij Luther en Calvijn. Een vergelijking.

In juni 2005 studeerde hij aan de TUA af met als hoofdvak Oude Testament. De afstudeerscriptie, die hij schreef onder leiding van prof. dr. H.G.L. Peels en dr. J.R. Luth, had als titel: Zieners en zangers. Een onderzoek naar de relatie tussen muziek en profetie in Kronieken.

Vanaf 2010 was hij als buitenpromovendus verbonden aan de Rijksuniversiteit Groningen (RUG). Onder leiding van prof. dr. A.L. Molendijk (promotor) en dr. J.R. Luth (copromotor) schreef hij een dissertatie over de herkomst van de ‘Eenige Gezangen’ in de Staatsberijming van 1773. Op 5 juli 2018 verdedigde hij aan de RUG zijn proefschrift Heilige gezangen. Herkomst, ontwikkeling en receptie van de lofzangen in het psalmboek van Dathenus en de ‘Eenige Gezangen’ in de Staatsberijming van 1773.

Jaco van der Knijff werkt sinds 1999 bij het Reformatorisch Dagblad in Apeldoorn. Na functies te hebben bekleed op onder meer de eindredactie en de opinieredactie is hij sinds 2007 als muziekredacteur werkzaam op de cultuurredactie.

Per 1 oktober 2018 is hij parttime als docent liturgiek verbonden aan de Theologische Universiteit Apeldoorn (TUA).

Hij is gehuwd en vader van vijf kinderen.